Учёный в области горного дела.
Основные труды по проблемам горного давления, рудничного крепления, рудничного проветривания, технического нормирования в горной промышленности. М.М. Протодьяконов создал оригинальную теорию горного давления (1907) и вывел формулу для её расчёта, разработал шкалу коэффициента крепости горных пород. Его книги «Давление горных пород на рудничную крепь. Теория рудничного крепления», «Курс проветривания рудников» явились важным учебным пособием для подготовки горных инженеров.
В Российском государственном архиве в г. Самаре на постоянном хранении находятся заявочные материалы на изобретения Протодьяконова М.М. (Ф. Р-1).
Перечень этих документов представлен в базах данных «Выдающиеся деятели науки и техники» и «Патентный каталог».
Подробнее с документами и базами данных можно ознакомиться в читальном зале архива по адресу: г. Самара, ул. Мичурина, д. 58.