Биохимик, академик АН СССР (1942) и АМН СССР (1944).
Основные труды по тканевому обмену углеводов и ферментативным процессам, лежащим в основе мышечного сокращения. Совместно с польским учёным Т. Барановским открыл процесс расщепления гликогена с участием фосфорной кислоты, названной им фосфоролизом. Дал теоретический анализ механизма гликолиза и спиртового брожения и связи между реакциями гликолиза и другими превращениями в мышцах. Один из пионеров применения в СССР изотопного метода в биохимии.
Член Германской академии естествоиспытателей «Леопольдина», член-корреспондент Польской АН, почётный доктор Сорбонны и Афинского университета.
Награжден орденом Ленина и орденом Трудового Красного Знамени.
В Российском государственном архиве в г. Самаре на постоянном хранении находятся заявочные материалы на изобретения Парнаса Я.О. (Ф. Р-1).
Перечень этих документов представлен в базах данных «Выдающиеся деятели науки и техники» и «Патентный каталог».
Подробнее с документами и базами данных можно ознакомиться в читальном зале архива по адресу: г. Самара, ул. Мичурина, д. 58.